No caso do A3 as hierarquias devem ser instaladas diretamente na mídia.

Acesse o site da CertiSign posicione o mouse em Ajuda > Downloads de Drivers

Clique em Hierarquia

Selecione a hierarquia conforme o tipo de certificado. Usaremos como exemplo o e-CPF. 

Faça o download dos 3 (três) arquivos

Após realizar o download acesse o local em que os arquivos foram salvos

Após realizar o download abra o SafeNet > Vista Avançada > Clique com o botão direito do mouse no nome do token e selecione Importar Certificado

Insira a senha do token clique ok. 

Selecione importar certificado de um arquivo > Clique em um arquivo por vez e selecione em Abrir 

Note que criou uma pasta Certificados AC e nela contém a hierarquia que foi importada