Para correta utilização do certificado MobileID devemos realizar a sincronização com o DesktopID na máquina pois algumas aplicações ou sites não possuem integração

https://www.certisign.com.br/duvidas-suporte/downloads/desktopid

Após a instalação é necessário sincronizar o certificado com a máquina

Clique no ícone“+” 

Em “Adicionar Certificado” selecione “MobileID”.

Digite o CPF ou CNPJ conforme aquisição e clique Procurar Dispositivo

Todos os dispositivos que possuem o app instalado recebem a mensagem de autenticação, o mesmo acontece quando o cliente deseja usar o certificado.

Após autorização o DesktopID clique em Concluir

Nesse caso abaixo a autenticação foi aceita em dois aparelhos. Quando o cliente acessar dessa máquina será encaminhada uma notificação de push para ambos aparelhos o que aceitar autenticará o site ou aplicação